办公室（国际部）
    起草和审核有关文件、报告；负责会议组织、秘书事务、督查催办、信息统计、文电处理、文书档案、后勤服务、机要保密和信访工作；制定和监督实施机关内部规章制度。
    负责对外宣传和国际工运理论研究工作；承担工会出访组团、访接待和有关国际会议、国际合作项目的联系与组织工作

组织部(机关党委、机关工会)
    负责总工会机关及所属事业单位的机构编制、人事管理、老干部服务和党群工作；协助市县和省直有关部门管理市县工会和产业（系统）、省属基层工会领导班子；负责新建企业工会组建和工会干部教育培训工作。

宣传教育部
    负责制定工会宣传教育规划与工作计划；负责劳模曲型事迹的宣传，指导基层开展精神文明创建活动；负责职工思想、理念等状况的调查研究；负责工会宣传和新闻报道工作；负责职工文体协会的工作。

研究室
    负责工会理论政策研究；负责省总确定的重大调研课题的组织协调；负责省总重要文稿起草；负责涉及职工和工会工作重要文献、资料的研究与编发工作；负责全省工会统计工作；负责工运史的研究和编写工作。

经济技术部
    指导和协助开展群众性经济技术创新活动；指导职工技术协作工作；负责全国、全省劳动模范和“五一”劳动奖状、奖章获得者的评选、推荐、表彰、管理等工作；参与我省有关职业安全卫生法规、规章和政策措施的制定；负责和协助做好安全生产、职工劳动保护等法律、法规和规章的实施和监督工作；参与省级建设项目的劳动保护设施的审查验收；参与职工重大伤亡事故和严重职业危害事件的调查处理；负责工会劳动保护监督检查员的培训等工作。

民主管理部
    指导企事业单位工会组织职工参与民主选举、民主决策、民主管理和民主监督工作；指导基层工会推行厂务公开，坚持和发展职工代表大会制度；指导和推动国有独资和国有控股公司建立职工董事、了工监事制度；指导市县工会和省产业（系统）工会与市县政府及有关部门建立联席（联系）会议制度；研究和推动企业、行业、区域建立和完善平等协商、集体合同制度；推动基层建立和完善调整劳动关系、维护职工劳动权益的监督制约和保证机制；指导、推动地方和行业建立劳动关系三方协调机制；指导和推进工会“建家”活动及评选表彰工作。

法律保障工作部
    参与我省涉及职工和工会工作的有关法规、规章的研究制定，参与劳动法律法规执行情况的监督检查和重大劳动争议案件的调查处理；研究指导劳动争议调处和推进劳动争议仲裁工作；指导和承担工会法律援助与法律服务工作；参与有关职工劳动就业、收入分配的法规、规章、政策的制定、实施与监督；参与有关职工养老保险、失业保险、医疗保险、工伤保险、生育保险的法规、规章和政策的制定；监督社会保险法律法规与政策的执行和社会保险基金的使用；参与涉及职工切身利益的物价、住房和社会救济等政策的制定、实施和监督；指导和组织实施送温暖工作；参与退休职工有关政策的研究制定。

财务管理部(会计结算中心)
    负责工会经费的“收、管、用”；审批市县和产业（系统）、省属基层工会及省总直属单位的财务预决算；管理省总本级留成工会经费。

女职工部
    参与我省有关女职工合法权益特别是特殊权益的法规、规章和政策的制定、实施和监督；负责女职工理论政策研究、女职工合法权益保护及工作、学习、生活等调查研究；负责组织实施有一定社会影响的女职工活动；承担省总工会女职工委员会的日常工作。

资产监督管理部                                                  

  负责全省工会资产的监督管理。负责研究和制定工会及职工劳动福利事业的管理体制和规章制度；负责对各级工会经费的“收、管、用”及职工劳动福利事业财务工作的政策指导和监督；负责对全省各级工会兴办企业规划、指导和服务工作；负责规划、创办、管理省总直属企事业。

经费审查委员会办公室
    负责工会经费“收、管、用”的审查监督。指导、督促和检查全省各级工会的经审工作；负责审计和监督省总机关及省总直属企事业单位财务预决算和经济活动；负责工会经费和各项基金使用情况的监督检查。承担省总经费审查委员的日常工作。

驻省总工会的省产业工会工作职责

海南省财贸工会
    负责财贸、烟草、饮食、旅游、轻纺、林业、水利、地质等产业、行业工会工作的指导与管理。

海南省工交医药工会
    负责机械、冶金、煤炭、石油、化工、医药、科研、文化、卫生、体育、海员、电讯、电子、信息等产业、行业工会工作的指导与管理。